內在醫治著重醫治生命中的創傷，心禱則更進一步持續更新整個靈命，幫助我們愈來愈像基督，與神建立更深的關係。
「內在醫治」主要是以心靈的傷害為切入點，幫助人在神面前面對受到的創傷，經歷神的安慰、醫治、與釋放。在這個充滿罪與破碎的世界裡，人與人彼此傷害，許多傷痛會在心中留下深刻的印記，甚至長期影響我們與神、與人、以及與自己的關係。合乎聖經的內在醫治，是將生命中的傷害帶到神面前，求神醫治破碎的心，恢復我們與祂的關係，並學習饒恕與交託。這樣的過程是寶貴且有益的。然而，若內在醫治過度聚焦於追究誰造成了傷害，或長時間停留在受害記憶中，而忽略生命的更新與向前成長，就需要格外謹慎。真正的醫治，不只是情緒得到抒發，更是生命因著神的同在而被更新。我們活在一個充滿罪性的世界，每個人都會受傷，也都會傷害別人。因此，真正的治本之道，不只是處理傷口，更是讓靈命罪性的起源被神改變與醫治。
心禱操練正是從這個根本著手。一方面，幫助我們透過聖靈的工作，靈命被更新，學習饒恕、放下苦毒；另一方面，也因著與神更深的連結，使愛心和平安不斷增長，提升面對傷害的能力，不僅能從過去的傷痛中走出來，也更能承受未來可能面對的傷害。換句話說，內在醫治通常是針對某一段創傷或特定事件，幫助人經歷神的醫治與釋放；而心禱操練則是透過聖靈持續更新整個靈命，使人合神心意的靈命更加成長，有愈來愈多的正心空間，歡迎神進住同在，建立更深的屬靈根基。
因此，心禱與內在醫治可以互相配搭。有時，深層的創傷會使人難以安靜來到神面前，而進行心禱可以幫助我們自我省察與悔改。這時，內在醫治可以幫助人先經歷神的安慰與醫治。然而，更根本、也更長遠的更新，乃在於持續透過心禱，祈求聖靈幫助我們靈洗除罪歸正，愈回復正心的美德，來得到神的進住，重生為原初受造「正心神殿」的健康靈魂。當生命愈來愈被神更新，我們便愈能活出基督的愛，更深經歷神的同在，享受真正的平安與喜樂。也更有能力饒恕、愛人、以及承受人生中的傷痛，並在這個過程中更加真實地認識神，活出祂創造我們的美意。